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Analyse du transcriptome (RNomique)

La Plateforme RNomique de l’Université de Sherbrooke a été lancée en 2006 pour offrir une vaste gamme de services de séquençage spécialisés en détection de variants de l'ARN et en criblage à haut débit.

Les services comprennent une grande variété de solutions de détection des acides nucléiques, dont le séquençage de nouvelle génération et la RT-PCR, la détection de microorganismes (virus, bactéries, champignons, levures, etc.), le criblage à haut débit et le phénotypage des cellules de mammifères. Les services que nous offrons sont complets puisqu'ils comprennent la conception, l'accompagnement dans les demandes de subvention et la préparation de données aux fins de publication. 

Nous sommes spécialisés dans le criblage transcriptomique à moyen débit à faible coût et rapide. Nous offrons la préparation de librairies génériques et spécialisées adaptée pour l'analyse du transcriptome entier, des variants d'épissage, de l'ARN viral et de l'ARN non codant pour le séquençage sur les plateformes MiSeq™ et NextSeq™ 500 d'Illumina. Nous offrons aussi une technique d'amplification de la PCR intégrée, informatisée et robotisée pour le criblage à haut débit de novo, la validation des données de séquençage et la quantification absolue de l'ARN. Cette technique unique en son genre constitue une solution adaptée pour la comparaison intermoléculaire directe par PCR numérique par gouttelettes (ddPCR) et la détection de variants d'épissage par PCR en point final couplée à l'électrophorèse microcapillaire (ASPCR). 

Elle permet également d'effectuer des tests rapides automatisés pour les infections virales et bactériennes en utilisant les normes et pratiques cliniques les plus strictes en recherche. L'ARN est extrait par plateforme robotisée, puis soumis à un contrôle de la qualité; les données sont accessibles en temps réel par accès sécurisé et personnalisé à la base de données. 

Services offerts

Isolation et contrôle de la qualité des acides nucléiques

  • Extraction automatisée à haut débit de l’ARN et de l’ADN à partir de cellules et tissus
  • Transcription inverse et préparation de l’ADNc
  • Quantification et évaluation de l’intégrité de l’ARN au moyen de l’électrophorèse capillaire et qRT-PCR des gènes références.

Détection de micro-organismes par PCR, qPCR, ddPCR et séquençage

  • Détection de la contamination mycoplasmique (p. ex., contrôle de la qualité par culture cellulaire systématique).
  • Tests pour la détection d’agents pathogènes d’animaux 
  • Profilage du microbiome par séquençage de l’ARNr
  • Dépistage viral multiplexe et à haut débit (SARS-CoV2, etc.)
  • Identification de levures, champignons, etc.
  • Identification de variants viraux et ribotypage bactérien

Analyses phénotypiques

  • Analyse de croissance et analyse cellulaire en temps réel
  • Migration-invasion en temps réel
  • Analyse métabolique en temps réel, y compris la respiration et la glycolyse (OCR, ECAR) 
  • Analyses du cycle cellulaire, BrdU et de viabilité.
  • Criblage à haut contenu par acquisition d’images en fluorescence de cellules marquées

 Quantification de l’expression génique et de transcrits

  • Quantification relative de l’expression génique par qRT-PCR avec SYBR Green ou sonde fluorescente (TaqMan, multiplexe, etc.)
  • Détection d’événements d’épissage alternatif et calcul de l’index d’épissage (PSI) par PCR en point final couplée à l’électrophorèse microcapillaire (ASPCR) 
  • Analyse des voies de signalisation spécifique à l’expression génique et aux variants d’épissage (p. ex. apoptose, voie de signalisation TOR, transduction de signal, etc.)
  • Criblage à haut débit allant jusqu’à 5000 réactions PCR par jour
  • Quantification absolue de l’expression génique et de l’accumulation d’ARN, comparaison et classement directs des transcrits, analyse indépendante de la contamination de l’expression génique dans l’échantillon clinique

Analyses d’ADN

  • Génotypage
  • Nombre de copie d’un plasmide

Séquençage de nouvelle génération

  • Préparation d’une librairie adaptée pour la détection de l’ARN polyadénylé, l’ARN structuré, l’ARN non codant, l’ARN appauvri en ARNr et d’une librairie d’amplicons conçue à partir de la technologie d’Illumina, de la méthodeTGIRT-seq et une librairie interne
  • DNA-Seq, RNA-Seq, ChIP-Seq, petits ARN, amplicons PCR, 16S et cellules uniques
  • Techniques spécialisés de détection de l’ARNt et des petits ARN nucléolaires

Nous offrons un débit de séquençage variant de 15 M de lectures (4,5 Go) à 400 M de lectures (120 Go) par exécution à l’aide des plateformes MiSeq et NextSeq. Le regroupement des échantillons et le partage des voies sont également disponibles. 

Soutien bioinformatique

Tous les services de la plateforme sont fournis avec le soutien bioinformatique de base, du design d’amorce à l’analyse primaire des données. Les méta-analyses et l’exploration de données en profondeur sont également disponibles par l’entremise de nos partenaires de plateforme informatique de l’Université de Sherbrooke. 

Découvrez davantage d’information sur la plateforme d'analyse du transcriptome (RNomique)  

  • Plus de 5 millions de réactions PCR pour des chercheurs du monde entier
  • Création du premier criblage à haut débit par PCR directe pour les variants d’épissage 
  • Découverte de variants d’épissage sur les biomarqueurs des cancers du sein et de l’ovaire
  • Test économique et efficace pour la détection de pathogènes/contamination pour les animaux et la culture cellulaire
  • Mise en œuvre des premières méthodes de séquençage simultané de l’ARN codant et non codant
  • Plus de 75 publications scientifiques dans Nature, NSMB, Nature Communication, etc.
  • Administration et réalisation efficaces de plusieurs projets de grande envergure (Génome Canada, CFI, subventions stratégiques du CRSNG, etc.)
  • Adaptation rapide et prise en charge des criblages cliniques, y compris l’analyse de plus de 400 échantillons de SARS-CoV2 par jour pour la santé publique de l’Estrie.

Équipe

Pr Sherif Abou Elela

Pr Sherif Abou Elela

Responsable scientifique

https://www.usherbrooke.ca/bottin/recherche/resultat/uid/483684

Mathieu Durand

Directeur des opérations

Informations supplémentaires


Organismes subventionnaires