Toutes petites, mais cruciales pour l’oncologie de demain

Et si des avancées majeures contre le cancer se cachaient là où on n’avait jamais cherché? C’est l’espoir soulevé par une étude publiée dans la prestigieuse revue Nature par le consortium international TransCODE, au sein duquel la professeure‑chercheuse Marie Brunet, de l’Institut de recherche sur le cancer de l’Université de Sherbrooke (IRCUS) et la FMSS, a joué un rôle central.

Les résultats publiés ouvrent la voie à une accélération de l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques, à une meilleure compréhension des mécanismes de résistance aux traitements et au développement de biomarqueurs plus précis pour le diagnostic. L’étude montre que les cellules, y compris les cellules cancéreuses, produisent des milliers de protéines extrêmement petites, longtemps passées inaperçues, mais bel et bien présentes. Cette découverte est majeure, car même une protéine minuscule peut jouer un rôle crucial. L’insuline en est un exemple très convaincant : malgré sa petite taille, elle est indispensable à la vie.

De nouvelles bases pour l’étude des maladies

Depuis des décennies, la recherche biomédicale s’appuie sur une liste bien définie de protéines pour comprendre de quelle façon les cellules deviennent malades et comment les traiter. Les travaux du consortium TransCODE élargissent aujourd’hui cette liste, en révélant l’existence d’un vaste ensemble de microprotéines jusqu’ici négligées.

Nommer l’invisible : les peptideines

Pendant longtemps, ces petites protéines existaient dans un flou scientifique : elles étaient parfois observées, sans qu’on sache comment les classer, ni comprendre leur rôle. Le terme peptideine, concept introduit par le consortium TransCODE et par GENCODE, la base de données mondiale de référence pour les gènes et les protéines humaines, permet de confirmer officiellement leur existence, même si leur fonction biologique reste à découvrir.

Cette reconnaissance les fait sortir de l’ombre et accélère concrètement la recherche contre le cancer, en rendant exploitable par les chercheurs du monde entier ce qui ne l’était pas jusqu’ici. On ne sait pas encore quelles peptideines se révéleront aussi importantes pour le cancer que l’insuline l’a été pour le diabète, mais ce nouveau cadre ouvre la voie à des découvertes majeures.

Marie Brunet, titulaire de la Chaire CRMUS en intelligence artificielle et multiomique appliquées aux pathologies pédiatriques

Une peptideine essentielle à la survie des cellules cancéreuses

Les chercheurs ont identifié une peptideine appelée OLMALINC, indispensable à la survie des cellules cancéreuses. Lorsqu’elle est supprimé, 85 % de plus de 485 lignées cellulaires cancéreuses ne survivent plus. Issue d’un gène autrefois considéré comme inactif, cette peptideine joue un rôle dans la division cellulaire et la réparation de l’ADN. Son rôle dans les cellules normales reste à élucider.

Une collaboration scientifique mondiale, avec l’IRCUS au cœur du projet

Cette avancée repose sur une collaboration scientifique internationale, menée par le consortium TransCODE, qui réunit plus de 60 chercheurs issus de plus de 30 institutions à travers le monde. L'Université de Sherbrooke s’y distingue comme la seule institution universitaire canadienne participante, grâce à l’implication de la professeure‑chercheuse Marie Brunet, chercheuse principale pour le volet protéomique de l’étude et membre de la direction de TransCODE.

Trois personnes étudiantes du laboratoire de la professeure‑chercheuse Marie Brunet — Valeriia Vasylieva, Félix‑Antoine Trifiro et Francis Bourassa — ont également contribué aux travaux publiés dans la revue Nature, avec la collaboration de Xavier Roucou, professeur-chercheur à l'IRCUS et au Département de biochimie et de génomique fonctionnelle de la FMSS.

Une méthodologie massive et rigoureuse

Pour établir un cadre solide, les équipes ont réanalysé près de 100 000 expériences de protéomique. Ces analyses ont été réalisées selon des critères très stricts, puis confirmées à l’aide de méthodes de validation précises.

On a ensuite examiné les résultats en profondeur afin de mieux comprendre ces protéines : leur conservation au cours de l’évolution, leur présence dans différents tissus et leurs caractéristiques biochimiques. L’ensemble constitue l'analyse la plus complète réalisée à ce jour sur ce pan longtemps méconnu du protéome humain.

En rendant ces données accessibles via GENCODE et PeptideAtlas, cette étude fournit à la communauté scientifique mondiale des outils concrets pour accélérer la recherche au bénéfice des personnes touchées par le cancer.

Une nouvelle ère pour l'immuno-oncologie

L’étude montre que de nombreuses peptideines sont détectées grâce à des approches permettant d’observer les peptides présentés à la surface des cellules, un mécanisme central à la reconnaissance par le système immunitaire. Jusqu’à présent, on a observé plusieurs de ces peptideines dans des échantillons tumoraux ou des lignées cellulaires cancéreuses, et non dans les tissus sains.

Ces observations suggèrent que les peptideines représentent un potentiel biologique prometteur à explorer pour, notamment, approfondir notre compréhension du cancer et développer des cibles d’immunothérapie du cancer plus précises.

En révélant l’existence de protéines longtemps restées invisibles pour la communauté scientifique, cette étude change la façon dont la recherche peut explorer, comprendre et peut‑être un jour, mieux combattre non seulement le cancer, mais toutes les autres maladies.

À propos de Marie Brunet
- Professeure-chercheuse au Département de pédiatrie de la Faculté de médecine et des sciences de la santé de l'Université de Sherbrooke
- Professeure-chercheuse à l'Institut de recherche sur le cancer de l'Université de Sherbrooke (IRCUS)
- Chercheuse au Centre de recherche du CHUS (CRCHUS)