Le SSF veille

Le cahier de manipulation électronique

L’utilisation du cahier de manipulation (aussi connu sous la désignation de lab book) par les chercheurs permet, entre autres :

  • de documenter au quotidien les hypothèses, analyses et interprétations préliminaires,
  • de présenter des résultats obtenus à la suite des expérimentations,
  • d’expliciter les différentes étapes de la conception d’un prototype,
  • de soutenir une demande de brevet ou de s’en servir afin de défendre sa démarche et sa propriété intellectuelle.

Sous format papier, le cahier de manipulation existe depuis fort longtemps : des inventeurs célèbres tels que Léonard de Vinci et Alexander Graham Bell se servaient de tels cahiers afin d’y consigner les nombreux croquis, descriptions et explications liés à l’étude des phénomènes qui les intéressaient, passant par le fonctionnement de systèmes complexes à la conception d’appareils envisagés en tant que solutions pour des problématiques spécifiques qu’ils avaient identifiées.

Il devient aujourd’hui possible d’envisager le remplacement graduel de ces cahiers papier par des outils numériques qui facilitent :

  • l’archivage des données,
  • l’indexation et la recherche d’information par mots clés,
  • la création de liens entre différentes sources de données,
  • l’organisation de réseaux de collaborateurs,
  • la mise en place de mécanismes de contrôle de la contribution et du suivi des modifications apportées à des documents partagés.

Le concept d’Electronic Laboratory Notebook (ELN), popularisé notamment dans le domaine des sciences physiques et de la santé, émerge en tant qu’outil pouvant servir à documenter les travaux de recherche mais également à implanter un éventuel système intégré de gestion des connaissances autour des objets de recherche. Cette approche rigoureuse interpelle les organismes d’accréditation, notamment dans les secteurs règlementés par des normes d’industrie ou assujettis à un cadre légal.

Il existe plusieurs solutions logicielles de gestion de contenu adaptées au cahier de manipulation électronique, avec la possibilité d’y intégrer des notes, des schémas ainsi que des sources de données externes (bien souvent, en lien avec des bases de données structurées). De tels systèmes permettent de recueillir efficacement l’information et de la structurer selon différents formats. Ils simplifient par ailleurs le partage d’information en offrant des mécanismes conviviaux qui facilitent la recherche de données ainsi que leur réutilisation sécurisée.

iLabber, un service infonuagique gratuit pour les individus et payant pour les groupes de travail, se veut un exemple d’une telle solution. Il fonctionne par l’interaction entre un logiciel client, installé sur le poste de travail, et un  serveur où résident les données pouvant alors potentiellement être partagées avec des collègues utilisant le même service.

Qui dit «partage» soulève aussitôt les questions de confidentialité et de sécurité. Un représentant de la firme ConturELN – qui commercialise iLabber – a été contacté afin de vérifier quelle était la position de sa compagnie quant aux préoccupations des usagers concernant, notamment, la propriété intellectuelle, la confidentialité et la sécurité des données. L’entente de service prévoit que les données téléversées demeurent la seule propriété du client, position rassurante dans un contexte où les données pourraient être hébergées sur des serveurs externes, sur lesquels les clients n’auraient que peu de contrôle.

Il existe par ailleurs des initiatives visant à distribuer le travail de recherche en laboratoire, à en partager les résultats et à construire une base de connaissances commune dans un esprit de collégialité et de collaboration ouverte. Le phénomène de l’utilisation des wikis dans le contexte du mouvement dit de l’Open Notebook Science est un bon exemple d’un moyen par lequel des équipes géographiquement dispersées collaborent en temps réel ou différé à la rédaction de pages web partagées. Le résultat peut alors prendre la forme d’un cahier de manipulation électronique central, suivant une structure prédéfinie.

La génomique et la chimie sont des exemples de domaines où les cahiers de manipulation sont souvent partagés entre différentes institutions universitaires participant à des projets de recherche subventionnés. Le site OpenWetWare et son Lab Notebook, ou encore UseFulChem sont intéressants à cet égard, car il est possible non seulement de consulter leurs cahiers de manipulation, mais également de contribuer aux entrées sur des pages mises ligne par les équipes de chercheurs (dans la mesure où on a obtenu préalablement la permission d’y participer).

Existe-t-il des exemples probants d’utilisation de cahiers électroniques à l’Université de Sherbrooke? Il serait intéressant de les recenser afin de voir à partager les expériences des usagers et faciliter une collaboration accrue entre les équipes de recherche.

Sources

AccelRys, ELN Case Study How One CRO Improved Productivity 25%, [capsule video : 9 min 59], Mars 2011.

Bruce, Stephen, «A Look at the State of Electronic Lab Notebook», Scientific Computing, [page consultée le 22 mars 2011].

Elliott, Michael H., «What You Should Know Before Selecting an ELN», Scientific Computing, [page consultée le 22 mars 2011].

Rozlucki, Thomas, Electronic Laboratory Notebook Seminar, Karolinska Institute, [capsule video : 2 min 3], mai 2009.

Welfelé, Odile, «Organiser le désordre : usages du cahier de laboratoire en physique contemporaine», Alliage, no 37-38, 1998.