Sébastien Rodrigue

Directeur adjoint responsable des études supérieures et de la recherche

Professeur agrégé

Coordonnées

Courriel : Sebastien.Rodrigue@USherbrooke.ca
Téléphone : 819 821-8000, poste 62939
Télécopieur : 819 821-8049
Local : D8-3018 (bureau), D8-3021 et D8-3023 (labo)

Formation

M. Sc. - Ph. D. Biologie, Université de Sherbrooke, Canada (2006)

Postdoctorat, Massachusetts Institute of Technology, États-Unis (2006-2010)

Thèmes de recherche

  • Étude de microorganismes grâce à des approches holistiques;
  • Biologie synthétique, simplification et programmation de cellules;
  • Études génomiques de microorganismes.

Recherches actuelles

L'objectif principal de mon laboratoire est de développer un système simple, bien caractérisé et sécuritaire afin de concevoir et de programmer des génomes bactériens. Nous utilisons la bactérie Mesoplasma florum comme plateforme pour ces expériences. Ce microorganisme  est particulièrement intéressant puisque son génome contient moins de 700 gènes et figure parmi les plus simples permettant la vie sans apport direct d'aucun autre organisme. De plus, M. florum croît rapidement, ne possède aucun pouvoir pathogène et utilise un code génétique alternatif, ce qui limite les échanges accidentels de matériel génétique avec d'autres organismes.

Les recherches effectuées dans mon laboratoire visent à comprendre de façon détaillée le fonctionnement de M. florum, à définir la composition d'un génome minimal, et à développer des techniques robustes pour modifier des génomes complets.  Nous tentons aussi de définir des règles simples permettant de programmer l'expression de groupes de gènes, grâce à l’utilisation de motifs d'ADN régulateur standardisés. L’ensemble de ces travaux permettra un avancement des connaissances fondamentales et pourraient éventuellement avoir d'importantes applications dans divers domaines tels la médecine, la décontamination environnementale, la nanofabrication, la détection de pathogènes et de substances dangereuses, ainsi que la production d'énergies plus propres.

Publications

Autres publications

Rodrigue S.,  Materna A.C.,  Timberlake S.C.,  Blackburn M.C.,  Malmstrom R.R., Alm E.J. & Chisholm S.W. (2010). Unlocking Short Read Sequencing for Metagenomics. PLoS ONE 5: e11840.

Rodrigue S., Malmstrom R.R., Berlin A.M., Birren B.W., Henn M.R. & Chisholm, S.W. (2009). Whole genome amplification and de novo assembly of single bacterial cells. PLoS ONE. 4:e6864.

Kettler, G.C., Martiny, A.C., Huang, K., Zucker, J., Coleman, M.L., Rodrigue, S., Chen, F., Lapidus, A., Ferriera, S., Johnson, J., Steglich, C., Church, G.M., Richardson, P. & Chisholm, S.W. (2007). Patterns & implications of gene gain & loss in the evolution of Prochlorococcus. PLoS Genetics. 3: e231.

Rodrigue, S., Brodeur, J., Jacques, P.E., Gervais, A.L., Brzezinski, R. & Gaudreau, L. (2007). Identification of mycobacterial σ factor binding sites by chromatin immunoprecipitation assays. J Bacteriol. 189: 1505-1513.

Dainese, E., Rodrigue, S., Delogu, G., Provvedi, R., Laflamme, L., Brzezinski, R., Fadda, G., Smith, I., Gaudreau, L., Palu, G. & Manganelli, R. (2006) Posttranslational regulation of Mycobacterium tuberculosis extracytoplasmic-function σ factor σL & roles in virulence & in global regulation of gene expression. Infect Immun. 74: 2457-2461.

Jacques, J.-F., Rodrigue, S., Brzezinski, R. & Gaudreau, L. (2006)A recombinant Mycobacterium tuberculosis in vitro transcription system. FEMS Microbiol Lett. 255: 140-147.