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Jean-Philippe Côté

Professeur, Faculté des sciences
FAC. SCIENCES Biologie

Présentation

Sujet de recherche

Antibiotiques et résistance, Enzymes et protéines, Infections bactériennes, Mécanismes biologiques et biochimiques, Protéomique fonctionnelle et structurale

Disciplines de recherche

Biochimie, Microbiologie

Mots-clés

Biofilm, Biologie des systèmes, Découverte d'antibiotiques, Glycosylation de protéine, Interactions génétiques, Interactions inter-bactériennes, Interactions protéine-protéine, Pathogenèse bactérienne

Centre de recherche

McMaster University

Langues parlées et écrites

Anglais, Français

Diplômes

(2014). Organisation fonctionnel des autotransporteurs auto-associatifs (SAATs) d'Escherichia coli (Doctorat, Doctorat en sciences vétérinaires). Université de Montréal.

(2007). (Baccalauréat, Baccalauréat en sciences). Université de Sherbrooke.

(). Organisation fonctionnel des autotransporteurs auto-associatifs (SAATs) d'Escherichia coli (Équivalent de la maîtrise, Maitrise en sciences vétérinaires). Université de Montréal.

Expérience académique

Assistant Professor. (2019-). Université de Sherbrooke. Canada.

Post-doctoral fellow, Laboratory of Eric Brown. (2013-2019). McMaster University. Canada.

Graduate Student, Laboratory of Michael Mourez. (2007-2013). Université de Montréal. Canada.

Invited Lecturer - Master's course - Bacterial pathogenesis. (2012-2012). Université de Montréal. Canada.

Prix et distinctions

  • (2019) Postdoctoral Fellowship. Cystic Fibrosis Canada. (Prix).
  • (2016) Postdoctoral Training Scholarship. Fonds de recherche du Québec - Santé (FRQS). (Prix).
  • (2013) End of PhD excellence award. Université de Montréal. (Prix).
  • (2012) Alexander Graham Bell Canada Graduate Scholarship. Conseil de recherches en sciences naturelles et en génie (CRSNG). (Prix).
  • (2010) International Training Award. Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FRQNT). (Prix).
  • (2009) FQRNT Master's Research Scholarship. Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FRQNT). (Prix).
  • Bachelor's Admission Scholarship. Université de Sherbrooke. (Prix).
  • Congress scholarship. Université de Montréal. (Prix).
  • Doctoral Admission Scholarship. Université de Montréal. (Prix).
  • Doctoral Excellence Scholarship. Université de Montréal. (Prix).
  • FQRNT Doctoral Research Scholarship (Declined). Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FRQNT). (Prix).
  • François-Lamy Prize, awarded to a last year biochemistry student for excellence, leadership and engagement. Université de Sherbrooke. (Honneur).
  • Master's Admission Scholarship. Université de Montréal. (Prix).
  • Millenium Scholarship (National in course scholarship). Fondation canadienne des bourses du millénaire. (Prix).
  • Travel award. Université de Montréal. (Prix).

Financement

  • Subvention. (Obtenu). Candidat principal. Identification de nouvelles cibles thérapeutiques pour le développement de nouveaux antibiotiques. Fonds de recherche du Québec - Santé (FRQS). Établissement de jeunes chercheurs. 80 000 $. (2020-2024)
  • Subvention. (Obtenu). Chercheur principal. Infrastructure for microbial systems biology. Fondation Canadienne pour l'Innovation (FCI). John R. Evans Leaders Fund. 254 871 $. (2019-2024)
  • Subvention. (Obtenu). Chercheur principal. Genome-wide analysis of the biogenesis and function of surface structures involved in interbacterial interactions. Conseil de Recherches en Sciences Naturelles et Génie du Canada (CRSNG). Discovery Grant. 150 000 $. (2019-2024)
  • Bourse de recherche. (Obtenu). Candidat principal. Identification de nouvelles cibles thérapeutiques pour le développement de nouveaux antibiotiques. Fonds de recherche du Québec - Santé (FRQS). Chercheur boursier Junior 1 - Salary award. 246 321 $. (2020-2024)
  • Subvention. (En cours d’évaluation). Candidat principal. SYSTEMATIC EVALUATION OF HOST RANGE OF CONJUGATIVE ELEMENTS. Fonds de recherche du Québec - Nature et technologies (FRQNT). Programme de recherche en équipe. 180 000 $. (2021-2024)
  • Subvention. (Obtenu). Chercheur principal. Start-up from the Centre de Recherche du CHUS. Centre de Recherche du Centre Hospitalier de l'Université de Sherbrooke Inc. (CRCHUS) (Sherbrooke, QC). Fonds de démarrage. 50 000 $. (2019-2022)
  • Subvention. (Obtenu). Chercheur principal. University start-up. Université de Sherbrooke. Start-up funds. 30 000 $. (2019-2022)
  • (En cours d’évaluation). Cocandidat. Development of a riboswitch-based metabolite-sensing platform. Centre de Recherche du Centre Hospitalier de l'Université de Sherbrooke Inc. (CRCHUS) (Sherbrooke, QC). Programme d'aide de financement interne. 25 000 $. (2021-2022)
  • Subvention. (Obtenu). Cochercheur. Investigation of conserved synthetic lethality relationships for the elaboration of new antibiotics.. Centre de Recherche du Centre Hospitalier de l'Université de Sherbrooke Inc. (CRCHUS) (Sherbrooke, QC). Programme d'aide de financement interne. 25 000 $. (2020-2020)
  • Subvention. (Terminé). Chercheur principal. Genome-wide analysis of the biogenesis and function of surface structures involved in interbacterial interactions. Conseil de Recherches en Sciences Naturelles et Génie du Canada (CRSNG). Discovery Launch Supplement. 12 500 $. (2019-2020)
  • Subvention. (Terminé). Cocandidat. Création et caractérisation d'une collection de souches isolées du microbiota humain pour l'étude de la dissémination des résistances aux antibiotiques. Centre de recherche du Centre Hospitalier de l'Université de Sherbrooke (CRCHUS). Axe Infection-Douleur. 16 250 $. (2018-2019)

Publications

Articles de revue

  • Klobucar K, French S, Côté JP, Howes JR, Brown ED. (2020). Genetic and Chemical-Genetic Interactions Map Biogenesis and Permeability Determinants of the Outer Membrane of Escherichia coli. mBio 10 (11), 1-12. (Article publié).
  • Michael Joseph Lacasse, Stephanie Sebastiampillai, Jean-Philippe Côté, Nicholas Hodkinson, Eric D. Brown, and Deborah Beth Zamble. (2019). A whole-cell, high-throughput hydrogenase assay to identify factors that modulate [NiFe]-hydrogenase activity. Journal of Biological Chemistry 294 (42), 15373-15385. DOI. (Article publié).
  • Shawn French, Maya Farha, Micheal Ellis, Zaid Sameer, Jean-Philippe Côté, Nicole Cotroneo, Troy Lister, Aileen Rubio, Eric Brown. (2019). Potentiation of Antibiotics against Gram-Negative Bacteria by Polymyxin B Analogue SPR741 from Unique Perturbation of the Outer Membrane. ACS Infectious Diseases 5 1-8. DOI. (Article publié).
  • French S*, Côté JP*, Stokes J, Truant R, and Brown E. (2017). E. coliBacteria getting into shape: genetic determinant of morphology. mBio 7 (8), e01977-16. (Article publié).
  • Gehrke SS, Kumar G, Yokubynas NA, Côté JP, Wang W, French S, MacNair CR, Wright GD and Brown ED. (2017). Exploiting the Sensitivity of Nutrient Transporter Deletion Strains in Discovery of Natural Product Antimetabolites. ACS Infectious Disease 3 (12), 955-965. (Article publié).
  • Stokes JM , MacNair C, Ilyas B, French S, Côté JP, Bouwman C, Farha M, Sieron A, Whitfield C, Coombes BK and Brown ED. (2017). Pentamidine sensitizes Gram-negative pathogens to antibiotics and overcomes acquired colistin resistance. Nature Microbiology 2 1-8. (Article publié).
  • French S, Mangat C, Bharat A, Côté JP, Mori H, Brown ED. (2016). A robust platform for chemical genomics in bacterial systems. Molecular Biology of the Cell 27 (6), 1015-25. (Article publié).
  • Côté JP, French F, Gehrke S, MacNair C, Mangat C, Bharat A and Brown E. (2016). Escherichia coliThe genome-wide interaction network of nutrient stress genes in. mBio 7 (6), e01714-16. (Article publié).
  • Côté JP, Charbonneau MÈ, Mourez M. (2013). Glycosylation of the Escherichia coli TibA self-associating autotransporter influences the conformation and the functionality of the protein. PLOS one 8 (11), e80739c. (Article publié).
  • Charbonneau MÈ , Côté JP , Haurat MF , Reiz B , Crépin S , Berthiaume F , Dozois CM , Feldman MF , Mourez M. (2012). A structural motif is the recognition site for a new family of bacterial protein O-glycosyltransferases. Molecular microbiology 83 (5), 894-907. (Article publié).
  • Côté JP , Berthiaume F , Houle S , Fairbrother JM , Dozois CM , Mourez M. (2012). Identification and mechanism of evolution of new alleles coding for the AIDA-I autotransporter of porcine pathogenic Escherichia coli. Applied and environmental microbiology 78 (13), 4597-605. (Article publié).
  • Côté JP , Mourez M. (2011). Structure-function analysis of the TibA self-associating autotransporter reveals a modular organization. Infection and immunity 79 (5), 1826-32. (Article publié).
  • Girard V*, Côté JP*, Charbonneau ME, Campos M, Berthiaume F, Hancock MA, Siddiqui N, Mourez M. (2010). Conformation change in a self-recognizing autotransporter modulates bacterial cell-cellinteraction. Journal of Biological Chemistry 285 (14), 10616-26. (Article publié).
  • Sprott GD, Côté JP and Jarell HC. (2009). Glycosidase-induced fusion ofisoprenoid gentiobiosyl lipid membranes at acidic pH. Glycobiology 19 (3), 267-76. (Article publié).
  • Sprott GD, Dicaire CJ, Côté JP, Whitfield DM. (2008). Adjuvant potential of archaealsynthetic glycolipid mimetics critically depends on the glyco head groupstructure. Glycobiology 18 (7), 559-65. (Article publié).

Autres contributions

Gestion d'évènements

  • Scientific committee. (2019) Annual meeting of the Canadian Society of Microbiologists. (Conférence).
  • Organizing committee member. (2018) Institute for Infectious Disease Research (IIDR) trainee day: One-day symposium for IIDR trainees. (Conférence).
  • Organizing committee member. (2017) Institute for Infectious Disease Research (IIDR) trainee day: One-day symposium for IIDR trainees. (Conférence).
  • Organizing committee member. (2016) Institute for Infectious Disease Research (IIDR) trainee day: One-day symposium for IIDR trainees. (Conférence).

Activités de collaboration internationale

  • Visiting student. France.

Présentations

  • (2020). Approche génétiques à haut débit pour la découverte de nouveaux antibiotiques. Conférences Denis Lebel. Canada
  • (2020). Approches génétiques à haut débit pour la découverte de nouveaux antibiotiques. Conférence CRCHUS 2.0. Canada
  • (2018). Approche génétiques à haut débit pour la découverte de nouveaux antibiotiques. Conférence de Centre de recherche du Centre Hospitalier Universitaire de Sherbrooke (CR-CHUS). Sherbrooke, Canada
  • Côté JP and Brown ED. (2018). Chemical genetic screen reveals new perturbants of the outer membrane of Gram-negative bacteria. Annual meeting of the Canadian Society of Microbiologists (CSM). Winnipeg, Canada
  • Côte, J.P., French, S., Kumar, G., Wang, W., Wright, G.D. and Brown, E.D. (2018). Exploiting idiosyncratic genetic interactions in Escherichia coli in the discovery of compounds affecting nutrient metabolism. Gordon Research Conference: New antibacterial discovery and development. Ventura, États-Unis
  • Côté JP, French F, Gehrke S, MacNair C, Mangat C, Bharat A and Brown E. (2017). The genome-wide interaction network of nutrient stress genes in Escherichia coli. Annual meeting of the Canadian Society of Microbiologists (CSM). Waterloo, Canada
  • (2017). Une approche de biologie des systèmes pour l’étude du métabolisme bactérien et implication pour la découverte de nouveaux antibiotiques. 'Les conférences biomicromoleculaires' of the Department of Biology of the University of Sherbrooke. Sherbrooke, Canada
  • (2016). The genome-wide interaction network of nutrient stress genes in Escherichia coli. 6th annual IIDR trainee day. Hamilton, Canada
  • Côté JP, French F, Gehrke S, MacNair C, Mangat C, Bharat A and Brown ED. (2016). The genome-wide interaction network of nutrient stress genes in Escherichia coli. Gordon Research Conference on Microbial Stress Response. South Hadley, États-Unis
  • Côté JP, French S, Mangat C, Bharat A and Brown ED. (2015). Genetic interaction network of a subset of genes required for growth under nutrient-limited conditions highlights potential antimicrobials. Keystone symposium on Gram-negative resistance. Tahoe City, États-Unis
  • Côté JP, French S, Mangat C, Bharat A and Brown ED. (2014). Understanding the genetic interaction network of a subset of genes required under nutrient stress highlights potential new antibiotic targets. IIDR Trainee Day 2014. Hamilton, Canada
  • (2013). The self-associating autotransporters of Escherichia coli: from virulence factors to social determinants. Annual conference of the Canadian Society of Microbiologists (CSM). Ottawa, Canada
  • Côté JP, Soyer M, Duménil G and Mourez M. (2012). Autotransporter-mediated recognition of self in pathogenic bacteria. Gordon Research Conference on Bacterial Cell Surface. West Dover, États-Unis
  • Côté JP, Soyer M, Duménil G and Mourez M. (2012). Autotransporter-mediated recognition of self in pathogenic bacteria. 4th ASM Conference on Prokaryotic Cell Biology and Development. Montreal, Canada
  • (2012). Autotransporter-mediated recognition of self in pathogenic bacteria. Annual symposium of the Centre for Research on Infection in PIGS (CRIP). Saint-Hyacinthe, Canada
  • Côté JP, Soyer M, Duménil G and Mourez M. (2012). Autotransporter-mediated recognition of self in pathogenic bacteria. Annual Meeting of the Canadian Society for Microbiologist. Vancouver, Canada
  • Côté JP and Mourez M. (2011). Autoaggregation and self-recognition in pathogenic E. col. FASEB Summer Research Conference on Microbial Pathogenesis: Mechanisms of Infectious Disease. Snowmass Village, États-Unis
  • Côté JP and Mourez M. (2011). Autoaggregation and self-recognition in pathogenic E. coli. Cold Spring Harbor Laboratory Microbial Pathogenesis & Host Response meeting. Cold Spring Harbor, États-Unis
  • (2011). Identification and evolution mechanism of new alleles coding for the AIDA-I autotransporter of porcine pathogenic Escherichia coli. Annual symposium of the Centre for Research on Infection in PIGS (CRIP). Saint-Hyacinthe, Canada