Les activités de recherche sont réparties sur plusieurs sites.

• Campus de la santé de l’Université incluant :
• la Faculté de médecine et des sciences de la santé
• le Centre de recherche du CHUS du Centre hospitalier universitaire de Sherbrooke abritant le Centre d’imagerie moléculaire de Sherbrooke
• l’Institut de pharmacologie de Sherbrooke
• l'Institut de recherche sur le cancer de l'Université de Sherbrooke (IRCUS)
• l'Institut universitaire de première ligne en santé et services sociaux (IUPLSSS)
• un parc biomédical dédié au développement d’entreprises novatrices du secteur de la santé
• Centre de recherche sur le vieillissement du Centre de santé et de services sociaux - Institut universitaire de gériatrie de Sherbrooke
• Centre de recherche Charles-Le Moyne – Saguenay – Lac-Saint-Jean sur les innovations en santé (CR-CSIS)
• Centre de formation médicale du Nouveau-Brunswick - Université de Moncton