Manuel Lafond

Professeur adjoint

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Local : D4-2010

Formation

Ph. D. Informatique, Université de Montréal (2016)

Thèmes de recherche

Bioinformatique, reconstruction d'histoires évolutives, algorithmique, complexité du calcul, théorie des graphes 

Recherches actuelles

Je m'intéresse au développement de nouveaux algorithmes et modèles évolutifs pour la génomique comparative. Ma recherche m'amène à résoudre des problèmes NP-complets en bioinformatique par la création d'algorithmes d'approximation et à complexité paramétrée pour les problématiques suivantes :

- Réconcilier des histoires évolutives contradictoires entre les gènes et leurs espèces.
- Classifier et prédire les relations entre les gènes (orthologie et paralogie).
- Reconstruire les histoires évolutives des espèces, des gènes et des tumeurs.
- Inférer le contenu en génome des espèces ancestrales. 

Publications

Lafond M, Mane A, Feijao P, Chauve C. (2018). The rooted SCJ median with single gene duplications. RECOMB-CG 2018 (à paraître).

Lafond M, El-Mabrouk N, Huber KT, Moulton V. (2018). The complexity of comparing multiply-labelled trees by extending phylogenetic-tree metrics. Theoretical Computer Science (à paraître).

Lafond M, Miardan M, Sankoff D. (2018). Accurate prediction of orthologs in the presence of divergence after duplication. Bioinformatics.

Lafond M, Chauve C, El-Mabrouk N, Ouangraoua A. (2017). Gene tree construction and correction using supertree and reconciliation. IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics.

Lafond M, Scornavacca C. (2017). On the weighted quartet consensus problem. CPM 2017.

Dobrev S, Lafond M, Narayanan L, Opatrny J. (2017). Optimal Local Buffer Management for Information Gathering with Adversarial Traffic. SPAA 2017.