Les frais indirects de recherche (FIR) sont des coûts imputables à la réalisation d'un projet de recherche, mais qui ne sont pas couverts directement par le financement prévu dans un contrat ou une subvention. Parmi ces frais, on retrouve des frais reliés aux installations et des frais reliés aux services offerts.

Par exemples, les montants perçus pour les FIR permettent de couvrir des frais reliés à :

• l'exploitation et à l'entretien des installations (chauffage, électricité, entretien ménager, réparations diverses, etc., pour les installations comme les laboratoires, les bibliothèques, etc.);
• la gestion des infrastructures informatiques (réseaux, courriels, ordinateurs, etc.);
• la gestion des demandes de subventions;
• la gestion des projets de recherche (appel d'offres, embauche, service de la paye, paiement des factures, rapports financiers, etc.);
• la gestion des règlements et des normes qui encadrent les projets de recherche (éthique de la recherche avec les sujets humains, soins des animaux, radioprotection, gestion et élimination des produits dangereux, etc.);
• la valorisation des résultats de la recherche;
• etc.

Une étude des coûts des universités canadiennes et des gouvernements québécois démontre que pour chaque dollar dépensé en coûts directs pour la recherche, il y a en moyenne de 0,50 $ à 0,65 $ de coûts indirects. Certains projets génèrent même des coûts indirects supérieurs à ces chiffres. 

Les entreprises qui offrent des activités de recherche et du développement exigent des tarifs variant de 100 % à 270 % des coûts directs pour s'assurer de récupérer toutes les sommes imputables à un projet.