Professionnelle ou professionnel de recherche en bioinformatique et statistiques de la transcriptomique

No 04516 Période d'affichage : du 26 janvier au 8 février 2021, 17 h

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Type d'emploi
Professionnels
Lieu
Campus de la santé
Statut
Temporaire
Unité administrative
Faculté de médecine et des sciences de la santé
Département de microbiologie et infectiologie
Horaire
Temps complet

Informations générales

Plusieurs de nos professeures et professeurs sont à l'origine de développements notables. Ils renversent des idées reçues et ils questionnent les façons de faire. Leurs découvertes sont au coeur de nombreuses avancées ou technologies actuelles utilisées dans le monde entier. Ces dernières servent de référence pour toute une communauté scientifique. On attend que votre contribution !

Devenez membre de la plateforme RNomique de l'Université de Sherbrooke. La plateforme est un service dynamique et unique spécialisée dans la biologie de l'ARN et de la détection des variantes d'ARN. L'objectif de la plateforme est d'appuyer les scientifiques sherbrookois, canadiens et internationaux intéressés par la transcriptomique. Vous travaillerez dans un environnement collaboratif, un milieu stimulant et diversifié, où les défis sont quotidien. La plateforme offre un service clé en main complet qui comprend la préparation d'échantillons, le contrôle qualité, le séquençage, le PCR et le soutient en analyse bioinformatique. La plateforme offre l'occasion de développer une belle carrière en recherche.

Chercheuse ou chercheur responsable

Pr Sherif Abou Elela

Département de microbiologie et infectiologie

Faculté de médecine et des sciences de la santé

Sommaire de la fonction

La personne candidate se joindra à une équipe de chercheuses et chercheurs de la plateforme RNomique de l'Université de Sherbrooke pour participer à la conception d'analyse de séquençage, de conception d'amorce et sonde PCR/qPCR/ddPCR, d'analyses statistiques des données et la maintenance et le développement des bases de données du client. Elle s'occupe aussi de s'assurer du maintien et du renouvellement de l'équipement nécessaire au support bioinformatique. La plateforme RNomique est un centre de service logé à la faculté de médecine qui a pour but d'assister les chercheuses et chercheurs de l'Université de Sherbrooke ainsi que les scientifiques nationaux et internationaux. La personne retenue sera appelée à initier le contact avec les clients potentiels, les aider à concevoir les expériences, en passant par la conception d'amorces, de sondes ainsi qu'à établir des conditions expérimentales optimales pour des résultats statistiquement valides. Une fois les données générées, elle analysera les données, communiquera et expliquera les résultats aux clients.

Tâches et responsabilités

1. Communication avec les clients.

2. Conception et mise en oeuvre de chaînes de traitement bio-informatiques pour PCR, qPCR, ddPCR et séquençage.

3. Générer, établir et maintenir le protocole de communication entre l'infrastructure de séquençage, PCR et robotique et la base de données d'analyse.

4. Conception, mise en oeuvre, exécution et optimisation de flux de travail des données génétiques.

5. Concevoir et implémenter des algorithmes et des programmes pour l'analyse des données transcriptomiques.

6. Optimiser et modifier les algorithmes existants, LIMS, bases de données et programmes d'analyse transcriptomique .

7. Accomplir les contrôles de qualité des données de séquençage ainsi que l'analyse.

8. Communiquer les résultats sur une base régulière pour les clients (par exemple, courriel, téléphone, bases de données, etc).

9. Représenter la plateforme lors de réunions, de séminaires et autres événements spéciaux.

10. Aider les clients de la plateforme à rédiger une section statistique et bio-informatique pour des publications ou subventions.

Qualifications

  • Détenir un doctorat en biologie computationnelle ou dans un domaine connexe axé sur les statistiques et la transcriptomique.

  • Avoir de l'expérience documentée dans l'analyse des ensembles de données transcriptomiques et/ou génomiques.

  • Démontrer de l'expérience dans la programmation orientée objet en Java, Perl et Python.

  • Posséder de l'expérience en développement Web : connaissance des concepts CMS et MVC, cadres tels que Liferay, Perl Catalyst ou Django.

  • Avoir de l'expérience en gestion de bases de données relationnelles (MySQL)

  • Avoir de l'expérience dans le système versioning tels que Git, hébergé sur Bitbucket.

  • Avoir de l'expérience dans l'administration système dans un environnement Linux (Ubuntu) : sécurité SSL, Apache, Tomcat, script shell.

Exigences

  • Démontrer une excellente aptitude de communication en français et en anglais.

  • Démontrer d'excellentes compétences en planification et en administration de projets.

  • Être à l'aise dans le multitâches et avoir la capacité à gérer de nombreux projets à la fois.

  • Être capable d'évaluer les retards et les ressources nécessaires à la réalisation d'un projet et suggérer des possibilités d'optimisation.

  • Être capable de travailler de façon autonome.

  • Avoir suivi une formation en biologie avec connaissance de la PCR et des techniques de séquençage.

Conditions de travail

Selon les échelles de la convention collective de travail entre l'Université de Sherbrooke et l'Association du personnel administratif et professionnel de l'Université de Sherbrooke (APAPUS), Unité « B ».

Emploi temporaire à temps complet, 35 heures par semaine.

RÉCEPTION DES CANDIDATURES

Veuillez faire parvenir votre curriculum vitae au Service des ressources humaines par voie électronique en cliquant sur le bouton « Postuler », au plus tard

LE LUNDI 8 FÉVRIER 2021, À 17 h

Nous remercions toutes les personnes candidates. Toutefois, nous communiquerons seulement avec les personnes retenues en entrevue.