Benoit Chabot

Titulaire de la Chaire de recherche Pierre C Fournier en génomique fonctionnelle

Professeur titulaire

Coordonnées

Courriel: Benoit.Chabot@USherbrooke.ca
Téléphone: 819 821-8000  poste 75321
Télécopieur: 819 820-6831

Importance de la recherche

Biologiste moléculaire, Benoit Chabot s’intéresse à l'épissage alternatif, un mécanisme qui contribue à la diversité protéique et la complexité des organismes vivants.  

L’épissage alternatif concerne 95% des gènes humains et permet de produire en moyenne 10 variants par gène.  L'identité de ces variants peut être spécifique aux tissus de sorte que le même gène produira dans différents tissus des protéines différentes souvent avec des fonctions différentes.  L'épissage alternatif est aussi fréquemment affecté dans des maladies humaines, et des projets récents ont permis d'évaluer ces différences dans les cancers de l'ovaire et du sein. D'autres projets réalisés dans le laboratoire du Pr Chabot portent sur la dystrophie myotonique et le SIDA.

Les travaux du Pr Chabot portent également sur les mécanismes moléculaires fondamentaux qui régissent les décisions d'épissage. Ainsi, ses travaux permettent de mieux comprendre comment un gène comme Bcl-x est épissé afin de produire soit une forme provoquant la mort cellulaire ou une forme permettant de résister à celle-ci. Une meilleure compréhension de ces mécanismes moléculaires, des facteurs impliqués, du rôle du stress et de l'environnement permettra de monter des stratégies innovatrices contre des maladies comme le cancer dont les cellules résistent aux traitements visant leur mort. 

Benoit Chabot est directeur d’une équipe de recherche financée par les Instituts de Recherche en Santé du Canada et le Conseil de Recherche en Sciences Naturelle et en Génie du Canada.  Le Pr Chabot est membre du comité éditorial de Molecular and Cellular Biology et Fellow de l'Académie canadienne des sciences de la santé.

Réalisations représentatives

  • Plus de 100 articles originaux dans des journaux scientifiques de haute qualité (Nature Genetics – PNAS – Genes & Dev – PLoS Biology – JBC – MCB – JMB – EMBO J – Cancer Research - RNA – NAR);
  • Travaux cités plus de 9500 fois; indice h = 49 (Google Scholar);
  • Plus de 100 résumés et communications dans des congrès internationaux;
  • Cinq brevets portant sur le contrôle de l’épissage alternatif et les télomères;
  • Cofondateur et président de la société de biotechnologie Télogène Inc.;
  • Formation de personnels hautement qualifiés (27 M.Sc., 12 Ph.D. et 8 stagiaires postdoctoraux).

Savoir-faire

  • Spécialiste de l’épissage alternatif : mécanismes de régulation et génomique fonctionnelle.
  • Expert dans la reprogrammation des profils d’épissage alternatif par l’utilisation d’oligonucléotides antisens.
  • Co-détenteur de plusieurs brevets couvrant la reprogrammation, l’annotation et l’utilisation des profils d’épissage alternatif.

Publications récentes

Cloutier, A., Shkreta, L., Durand, M., Toutant, J., Thibault, P. and Chabot, B. (2018). hnRNP A1/A2 and Sam68 collaborate with SRSF10 to control the splicing response to oxaliplatin-mediated DNA damage. Sci. Rep. 8(1):2206. doi: 10.1038/s41598-018-20360-x. PMID: 29396485

Deshaies, J.E., Shkreta,L., Moszczynski, A.J., Flamier, A., Sidibe, H., Semmler, S., Fouillen, A., Bennet, E., Bekenstein, U., Destroismaisons, L., Toutant, J., Delmotte Q., Volkening, K., Stabile, S., Aulas, A., Khalfallah, Y., Soreq, H., Nanci, A., Bernier, G., Strong, M.J., Chabot, B. and Vande Velde, C. (2018). TDP-43 regulates hnRNP A1 alternative splicing to generate an aggregation prone isoform in amyotrophic lateral sclerosis. Brain March 19. doi: 10.1093/brain/awy062. PMID: 29562314

Bondy-Chorney, E., Baldwin, R.M., Didillon, A., Chabot, B., Jasmin, B.J. and Côté, J. (2017). RNA binding protein RALY promotes Protein Arginine Methyltransferase 1 alternatively spliced isoform v2 relative expression and metastatic potential in breast cancer cells. Int. J. Biochem. & Cell Biol. Jul 18. pii: S1357-2725(17)30172-3. doi:10.1016/j.biocel.2017.07.008 PMID: 28733251

Sutherland, L.C., Thibault, P., Durand, M., Lapointe, E., Knee J.M., Beauvais, A., Kalatskaya I., Hunt, S.C., Loiselle, J.J., Roy, J.G., Tessier, S.J., Ybazeta, G., Stein, L., Kotary, R., Klinck, R. and Chabot, B. (2017). Splicing arrays reveal novel RBM10 targets, including SMN2 pre-mRNA. BMC Mol. Biol. 18(1):19. doi: 10.1186/s12867-017-0096-x. PMID: 28728573

Deschênes, M. and Chabot, B. (2017). The emerging role of alternative splicing in senescence and aging. Aging Cell doi:10.1111/acel.12646. PMID: 28703483

Cloutier, P., Poitras, C., Durand, M., Hekmat, O., Fiola-Masson, E., Bouchard, A., Faubert, D., Chabot, B. and B. Coulombe. (2017). The RUVBL1/RUVBL2 component of the cochaperone R2TP/prefoldin-like directly interacts with ZNHIT2 to regulate assembly of the small nuclear ribonucleoprotein U5. Nature Commun. May 31;8:15615. doi: 10.1038/ncomms15615.  PMID: 28561026

Shkreta, L., Blanchette, M., Toutant, J., Wilhem, E., Bell, B., Story, B.A., Cochrane, A., Balachandran, A., Cheung, P.K., Harrigan, P.R., Grierson, D. and Chabot, B. (2017). Modulation of the splicing regulatory function of SRSF10 by a novel compound that impairs HIV-1 replication. Nucl. Acids Res. 45(7):4051-4067. doi: 10.1093/nar/gkw1223.  PMID : 27928057.

Shkreta, L., Toutant, J., Durand, M., Manley, J.L. and Chabot, B. (2016). The splicing regulator SRSF10 connects the DNA damage response to the alternative splicing of genes encoding components involved in apoptosis, cell-cycle and DNA repair. Cell Reports 17(8):1990-2003. doi :10:1016/j.celrep.2016.10.071 PMID : 27851963.

Bondy-Chorney, E., Crawford, T.E., Ravel-Chapuis, A., Klinck, R., Chabot, B., Jasmin, B.J., and Côté, J. (2016). Staufen1 regulates multiple alternative splicing events either positively or negatively in DM1 indicating its role as a disease modifier. PLoS Genetics.  12(1): e1005827. doi:10.1371 / journal.pgen.1005827 PMID : 26824521.

Cheung, P.K., Horant, D., Bandy, L.E., Zamiri, M., Rabea, S.M., Karagiosov, S.K., Matloobi, M., Harrigan, P. R., Chabot, B. and Grierson, D.S. (2016). A parallel synthesis approach leading to the identification of novel diheteroarylamide-based inhibitors of HIV alternative splicing: a new anti-HIV/AIDS strategy replication. J. Med. Chem. 59(5):1869-79 doi:10.1021 / acs.jmedchem.5b01357 PMID: 26878150.

Chabot, B. and Shkreta, L. (2016). Defective control of pre-messenger RNA splicing in human disease. J. Cell. Biol. 212 (1):13-27.  PMID: 26728853.

Shkreta, L. and Chabot, B. (2015). The RNA splicing response to DNA damage. Biomolecules 5(4): 2935-2977. PMID : 26529031.

Shkreta, L., Cloutier, A., Toutant, J., Vennin Rendos, H. and Chabot, B. (2015). Regulation of alternative splicing and the case of Bcl-x. Pak. J. Biochem. Mol. Biol. 48(2): 27-38.

Bergeron, D., Pal, G., Beaulieu, Y.B., Chabot, B. and Bachand, F. (2015). Regulated intron retention and nuclear pre-mRNA decay contribute to PABPN1 autoregulation. Mol. Cell. Biol. 35(14) 2503-17. PMID: 25963658.

Gabriel, M., Delforge, Y., Deward, A., Habraken, Y., Hennuy, B., Piette, J., Klinck, R., Chabot, B., Colige, A. and Lambert, C. (2015). Role of the splicing factor SRSF4 in cisplatin-induced modifications of pre-mRNA splicing and apoptosis. BMC Cancer. 15:227. doi: 10.1186/s12885-015-1259-0. PMID: 25884497.

Lemieux, B., Blanchette, M., Monette, A., Mouland, A.J., Wellinger, R.J. and Chabot, B. (2015). A function for hnRNP A1 and A2 in transcription elongation. PLoS One. 10(5):e0126654. doi: 10.1371. PMID: 26011126.

Chabot, B. (2015). My road to alternative splicing control: from simple paths to loops and interconnections. Biochem. Cell Biol. dx.doi.org/10.1139/bcb-2014-0161. PMID: 25759250.

Chabot, B. (2015). Finding the rules of splicing and using them….alternatively. RNA 21: 582-583(invited essay for the 20th anniversary commemorative issue of the RNA journal). PMID : 25780148.

Mauger, O., Klinck, R., Chabot, B., Muchardt, C., Allemand, E. and Batsché, E. (2015). Alternative splicing regulates the expression of G9A and SUV39H2 methyltransferases, and dramatically changes SUV39H2 functions. Nucl. Acids Res. 43:1869-1882 PMID: 25605796.

Best,A., James, K., Dalgliesh, C., Hong,E., Kheirolahi-Kouhestani, M., Curk, T., Xu, Y., Danilenko, M., Hussain, R., Keavney, B., Wipat, A., Klinck, R., Cowell, I., Lee, K. C., Austin, C., Venables, J., Chabot, B., Santibanez Koref, M., Tyson-Capper, A. and D. J. Elliott. (2014). Human Tra2 proteins jointly control a CHEK1 splicing switch among alternative and constitutive target exons. Nature Comm. 5:4760  PMID:25208576

Klinck, R., Fourrier, A., Thibault, P., Toutant, J., Durand, M., Lapointe, E., Caillet-Boudin, M.-L., Sergeant, N.,Gourdon, G., Meola, G., Furling, D., Puymirat, J. and Chabot, B. (2014). RBFOX1 cooperates with MBNL1 to control splicing in muscle, including events altered in myotonic dystrophy type 1. PLoS One 9(9):e107324. PMID: 25211016

Brosseau, J.P., Lucier, J.F., Nwilati, H., Thibault, P., Garneau, D., Durand, M., Couture, S., Lapointe, E., Prinos, P., Klinck, R., Perreault, J.P., Chabot, B. and Abou Elela, S. (2014). Tumor microenvironment associated modifications of alternative splicing. RNA. 20:189-201.

Brosseau, J.P., Lucier, J.F., Lamarche, A.A, Shkreta, L., Lapointe, E., Couture, S., Thibault, P., Gendron, D., Paquet, E., Perreault, J.P., Abou Elela, S. and Chabot, B. (2014). Redirecting splicing with bifunctional oligonucleotides. Nucl. Acids Res. 42(6):e40. Covered in Biotechniques. http://www.biotechniques.com/news/Snipping-and-Knitting-in-All-the-Right-Places/biotechniques-351323.html#.U1A488fxshl

Venables, J.P., Lapasset, L., Gadea, G., Fort, P., Klinck, R., Irimia, M., Vignal, E., Prinos,P., Chabot, B., Abou Elela, S., Roux, P., Lemaitre, J.M. and Tazi, J. (2013). MBNL1 and RBFOX2 cooperate to change a splicing program involved in pluripotent stem cell differentiation. Nature Comm. 4:2480 doi: 10.1038/ncomms3480.

Diaz, Z., Aguilar-Mahecha, A., Paquet, E.R., Basik, M., Orain, M., Camlioglu, E., Constantin, A., Benlimame, N., Bachvarov,, D., Jannot,, G., Simard, M.J., Chabot, B., Gologan, A., Klinck,R.,  Gagnon-Kugler, T., Lan,C., Przybytkowski, E., Qureshi, S., Rousseau,C., Spatz, A., Têtu,B., Batist, G. (2013). Next-generation biobanking of metastases to enable multidimensional molecular profiling in personalized medicine. Modern Pathology 26: 1413-1424.

Shkreta, L., Bell, B., Revil, T., Venables, J.P., Prinos, P., Abou Elela, S. and Chabot, B. (2013). Cancer-associated perturbations in alternative pre-messenger RNA splicing. Cancer Treat Res. 158: 41-94.

Venables, J.P., Brosseau, J.P., Gadea, G., Klinck, R., Prinos, P., Beaulieu, J.F., Lapointe, E., Durand, M., Thibault, P., Tremblay, K., Rousset, F., Tazi,J., Abou Elela, S. and Chabot,  B. (2013). RBFOX2 is an important regulator of mesenchymal-specific splicing in both normal and cancer tissues. Mol. Cell. Biol. 33:396-405.

Prinos, P., Klinck, R., Venables, J.P., Perreault, J.P., Wellinger, R.J., Abou Elela, S. and Chabot, B. (2012). Alternative splicing as a generator of functional diversity in cancer. MSA 1(4):151-165 [In French]

Michelle, L., Barbier, J. and Chabot, B. (2012). hnRNP and hnRNP-like proteins in splicing control: molecular mechanisms and implication in human diseases. In RNA binding proteins, edited by Z. J. Lorkovic. Landes Biosciences. pp. 1-25.

Lund, N., Milev, M.P., Wong, R., Sanmuganantham, T., Woolaway, K., Chabot, B., Abou Elela, S., Mouland, A.J., Cochrane, A. (2012). Differential effects of hnRNP D/AUF1 isoforms on HIV-1 gene expression. Nucl. Acids Res. 40(8):3663-3675.

Michelle, L., Cloutier, A., Toutant, J., Shkreta, L., Thibault, P., Durand, M., Garneau, D., Gendron, D., Lapointe, E., Couture, S., Le Hir, H., Klinck, R., Abou Elela, S., Prinos, P. and Chabot, B.(2012). EJC components modulate the alternative splicing of Bcl-x and other apoptotic genes. Mol. Cell. Biol.32:954-967.

Montes, M., Cloutier, A., Sánchez-Hernández, N., Michelle, L., Lemieux, B., Blanchette, M., Hernández-Munain, C., Chabot, B. and Suñé, C. (2012). The elongation and splicing-related factor TCERG1 regulates alternative splicing of the Bcl-x apoptosis gene by modulating the rate of RNA polymerase transcription. Mol. Cell. Biol. 32:751-762.

Klinck, R., Chabot, B., Abou Elela, S. (2011) High-throughput RT-PCR. In "RNA splicing: The complete guide", edited by S. Stamm, C. Smith and R. Lührmann. Wiley-VCH.

Parenteau, J., Durand, M., Morin, G., Gagnon, J., Lucier, J.F., Welligner, R.J., Chabot, B. and Abou Elela, S. (2011). Introns regulate the production and functional specificity of yeast ribosomes. Cell 14:320-331.

Prinos, P., Garneau, D., Lucier, J.F., Gendron, D., Couture, S., Boivin, M., Brosseau, J.P., Lapointe, E., Thibault, P., Durand, M., Tremblay, K., Gervais-Bird, J., Nwilati, H., Klinck, R., Chabot, B., Perreault, J.P., Wellinger, R.J., Abou Elela, S. (2011). Alternative splicing of SYK regulates mitosis and cell survival. Nat. Struct. Mol. Biol. 18:673-679.

Tanackovic, G.,Ransijn, A., Thibault, P., Abou Elela, S., Klinck, R., Berson, E.L., Chabot, B. and Rivolta, C. (2011). Defects in pre-mRNA splicing and altered steady-state levels of spliceosome components are associated with retinal degeneration in humans. Hum. Mol. Genet. 20:2116-21130.

Shkreta, L., Michelle, L., Toutant, J., Tremblay, M.L. and Chabot, B. (2011). The DNA damage response pathway regulates the alternative splicing of the apoptotic mediator Bcl-x. J. Biol. Chem. 286:331-340.

Dominguez, C., Fisette, J.F., Chabot, B. and Allain, F.H.T. (2010). Structural basis of G-tract recognition and encaging by hnRNP F quasi-RRMs. Nat. Struct. Mol. Biol. 17:853-861.

Fisette, J.F., Toutant, J., Dugré-Brisson, S., Desgroseillers, L. and Chabot, B. (2010). hnRNP A1 and hnRNP H can cooperate to modulate 5’ splice site selection. RNA 16:228-238.