Ressources bio-informatiques

En plus de faire avancer les connaissances en biochimie et en génomique fonctionnelle dans différents domaines des sciences de la vie, nos recherches aboutissent à la création d’outils bio-informatiques, de bases de données et de protocoles utiles pour l’ensemble de la communauté scientifique. Le département met ces ressources librement disponibles; vous n’avez qu’à cliquer sur les liens correspondants.

Coco

Logiciel pour la quantification des transcrits par RNA-seq, permettant une correction pour la quantification des gènes imbriqués et multi-alignés tels les snoRNA et le ARNt. Le logiciel est disponible gratuitement et des instructions pour l’installation et l’utilisation sont disponibles.

CoCo

G4RNA

Base de données de G-quadruplex d’ARN validés expérimentalement. La position génomique, le gène/transcrit correspondant, la séquence et le type d’expérience effectué sont disponibles, ainsi que les scores de prédiction de leur repliement.

G4RNA

G4RNA_screener

Prédicteur de G-quadruplex d’ARN qui fournit les scores cGcC, G4Hunter et celui du réseau de neurones artificiels G4NN. L’utilisateur fournit les séquences à prédire et obtient les prédictions.

G4RNA_screener

OpenProt

Ressource protéogénomique contenant les prédictions et les annotations fonctionnelles (protéomique, profilage de ribosomes, conservation, domaines) de toutes les protéines potentiellement codées par les cadres de lecture ouverts supérieurs à 30 codons dans le transcriptome de 10 espèces. Un "genome browser" permettant la visualisation des données est aussi disponible. Cette ressource permet la découverte de nouvelles protéines.

OpenProt

snoDB

Base de données de petits ARN nucléolaires (snoRNA) humains. Une recherche avancée permet d’obtenir des informations sur l’expression du snoRNA, ses interacteurs et cibles, son gène hôte, sa séquence et localisation génomique et de nombreux liens vers d’autres ressources. Un outil de visualisation d’expression et un moteur de recherche de similarité de séquence avec toutes les entrées de RNAcentral sont également disponibles.

snoDB

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