Xavier Roucou, Ph.D.

Professeur titulaire
Directeur du département de biochimie et de génomique fonctionnelle

Coordonnées
Site internet du laboratoire
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Formation

Études doctorales : 1992-1996, Université Victor-Ségalen Bordeaux 2 (Bordeaux, France)

Études postdoctorales :

  • Lady Davis Institute for Medical Research, Université McGill (Montréal), 1997-2000
  • Université de Genève (Suisse), 2000-2002
  • Université Monash (Melbourne, Australie), 2002-2004

Objectif de recherche

Le laboratoire utilise la protéogénomique pour découvrir des nouvelles protéines, et la biochimie et la biologie cellulaire pour étudier la fonction des protéines en conditions normales et pathologiques.

Research objective

The laboratory uses proteogenomics to discover novel proteins, and biochemical and cell biology approaches to decipher the role of proteins in health and diseases.

Recherche en cours

Potentiel codant du génome et protéines alternatives

Selon les annotations actuelles du génome humain, chaque ARNm ne contient qu’une seule séquence codante ou ORF (Open Reading Frame), et ne produit donc qu’une seule protéine. Puisqu’un gène peut produire plusieurs ARNms par épissage alternatif, chaque gène codant code pour une protéine de référence et des isoformes. Or, le laboratoire a démontré que les ARNms peuvent contenir plusieurs ORFs et non pas un seul, et donc produire au moins une protéine différente, en plus de la protéine de référence. Ces nouvelles protéines sont appelées protéines alternatives. Les gènes humains peuvent donc être multicodants et non pas uniquement monocistroniques.

Toujours selon les annotations actuelles du génome humain, les pseudogènes sont considérés comme des gènes inactifs. En fait, ils ne sont pas si inactifs que cela et un grand nombre d’entre eux sont transcrits. Mais s’ils produisent des ARNs, ceux-ci sont automatiquement annotés comme non-codants. Cependant, nous avons trouvé qu’ils codent pour des protéines et que les ARNs produits par les pseudogènes devraient être annotés comme des ARNms.

Nous avons modernisé l’annotation fonctionnelle de nombreux génomes dans la ressource protéogénomique www.OpenProt.org

Current research projects

Protein-coding potential of the genome and alternative proteins

According to current annotations of the human genome, each mRNA contains only one coding sequence or ORF (Open Reading Frame), and therefore produces one protein only. Since a gene can produce multiple mRNAs by alternative splicing, each protein-coding gene encodes a reference protein and its isoforms. However, the laboratory has shown that mRNAs can contain several ORFs and not just one, and therefore produce at least one different protein in addition to the reference protein. These new proteins are called alternative proteins. Human genes can therefore be multicoding and not just monocistronic.

Also, according to the current annotations of the human genome, pseudogenes are considered to be inactive genes. In fact, they are not that inactive and many of them are transcribed. But if they produce RNAs, these are automatically annotated as non-coding RNAs. Yet, we have found that they code for proteins and that the RNAs produced by the pseudogenes should in fact be annotated as mRNAs.                                                                  We have updated the functional annotation of several genomes in the proteogenomic resource www.OpenProt.org

Savoir-faire / Mots clés

Protéogénomique, bio-informatique, génétique moléculaire, culture cellulaire, clonage et mutagénèse dirigé, CRISPR, microscopie haute résolution

Keywords

Proteogenomics, bioinformatics, molecular genetics, cell culture, cloning and site-directed mutagenesis, CRISPR, super-resolution confocal microscopy