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Soutenance de thèse de M. Vincent Baby « Analyse, clonage et transplantation du génome de la bactérie Mesoplasma florum »

Date :
Cet événement est passé.
Type :
Soutenance de thèse
Lieu :
D7-2021, Faculté des sciences

Description :

Président-rapporteur :

  • Professeur François Malouin, Ph.D., Faculté des sciences, Département de biologie, Université de Sherbrooke

Membres du jury :

  • Professeur Sébastien Rodrigue, Ph.D., directeur de recherche, Faculté des sciences, Département de biologie, Université de Sherbrooke
  • Professeur Nicolas Gévry, Ph.D., codirecteur de recherche, Faculté des sciences, Département de biologie, Université de Sherbrooke
  • Professeur Christian Landry, Ph.D., évaluateur externe, Faculté des sciences et de génie, Département de biologie, Université Laval
  • Professeur Ryszard Brzezinski, Ph.D., évaluateur interne, Faculté des sciences, Département de biologie, Université de Sherbrooke
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Résumé :

Grâce aux progrès de la synthèse et de l’assemblage d’ADN, il techniquement possible de créer des génomes complètement différents de ceux retrouvés dans la nature. Par contre, le design rationnel de génomes n’est pas encore possible, car les contraintes à respecter pour supporter la vie nous sont encore largement inconnues. L’utilisation de bactéries au génome minimal, qui sont encore très rares, faciliterait grandement cette tâche. En tenant compte de ce contexte, mon projet de doctorat visait à développer un nouvel organisme modèle pour la génomique synthétique puis à combiner plusieurs approches pour identifier les éléments génétiques de son génome qui sont le plus susceptibles d’être essentiels. Lors de mes travaux, j’ai dans un premier temps cloné le génome complet de la bactérie Mesoplasma florum L1 sous la forme d’un chromosome artificiel dans la levure Saccharomyces cerevisiae.

J’ai déterminé l’impact de la présence du génome bactérien sur la levure et j’ai ensuite pu découvrir que la transplantation du génome de M. florum dans la bactérie Mycoplasma capricolum sous-espèce capricolum est possible mais engendre un faible nombre de mutations. Dans un deuxième temps, j’ai identifié les éléments importants du génome de M. florum en combinant une approche de génomique comparative sur 13 souches appartenant à cette espèce ainsi qu’un analysant les résultats d’une mutagénèse par insertion de transposons chez la souche M. florum L1. J’ai pu ainsi identifier des gènes plus propices à une délétion et concevoir des plans de réduction du génome de cette souche. J’ai par la suite comparé différentes propositions de génomes réduits au génome de la bactérie minimale Mycoplasma mycoides sous-espèce capri JCVI-syn3.0. Ces connaissances et la mise point de la boucle de clonage et transplantation permettent de mieux comprendre ce processus encore peu caractérisé et de positionner M. florum comme modèle pour la génomique synthétique.